灭菌原理不同
次氯酸分解形成新的生态氧[O]，使细菌和病毒上的蛋白质变性，杀死致病微生物。
在杀菌杀毒的过程中，它不仅作用于病毒的细胞壁和外壳，而且能渗透到细菌体内，氧化RNA或DNA，使原核细胞迅速失活并死亡（细菌、真菌、支原体、衣原体、衣原体等），病毒、细菌孢子和其他致病微生物是原核细胞）。同时，次氯酸盐产生的氯离子能显著改变细菌和病毒的渗透压，使其细胞失去活性而死亡。
次氯酸钠次氯酸钠水解生成次氯酸钠，再进一步分解形成新的生态氧[O]。新生态氧的极强氧化作用使细菌和病毒上的蛋白质和其他物质变性，从而杀死致病微生物。
不同的特征
次氯酸是人体白细胞产生的一种天然抗菌物质。它被用来杀死入侵的微生物病原体。它也是先天免疫系统的一部分。无细胞毒性，作用后直接还原为水。无毒无害，对皮肤、粘膜、眼睛无刺激性。
次氯酸钠水解产生游离氯，与有机物结合形成致癌物质。次氯酸钠是一种强碱性物质，可对人体呼吸道、手部、皮肤等人体造成腐蚀和损害，危害人体健康。
实用性和作用范围不同
次氯酸：对皮肤、粘膜、眼睛无刺激性。经口和吸入无毒。可直接接触皮肤，直接对空气消毒。
作用范围：公共场所（医院、早教机构、宾馆、风景名胜区、公共座椅、餐厅餐具）家庭消毒（浴室、卫生间、冰箱、汽车、外出旅游、餐具、客厅、卧室）物品消毒（婴儿用品、口香糖、玩具、手机、衣服、奶瓶餐具、，果蔬等）消除异味（鞋袜异味、烟味、火锅味等）皮肤使用（洗手、伤口清洁、黏膜等皮肤消炎消毒）
次氯酸钠：1、避免直接接触皮肤，次氯酸钠有强烈刺激性，必须戴手套等防护措施。2、避免与酸混合。84消毒液和卫生间清洁剂不得混合使用。当它们相遇时，它们会产生氯，对眼睛黏膜和皮肤有很强的刺激性。容易使眼睛流泪，刺激呼吸道，使人咳嗽。严重时，甚至会腐蚀肺泡，引起呼吸困难或肺水肿。
作用范围：禁止将次氯酸钠直接用于空气消毒。适用于硬表面、医院污染物品、白色织物、医疗器械的消毒。纺织品也有漂白功能，但使用时要注意混纺比例和个人防护。
一般来说，次氯酸比次氯酸钠更有效、更安全、更环保。次氯酸可作为日常生活中的消毒剂，也是一种较好的选择。
